凌波微课|TBtools系列课程——解锁Heatmap绘制新姿势

“学生信，做分析，就上凌波微课”

TBtools绘制Heatmap图实操

热图（Heatmap），是数据可视化分析中不可或缺的部分。通过热图可以简单地聚合大量数据，并使用一种渐进的色带来优雅地表现，最终效果一般优于离散点的直接显示，可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低。

TBtools是由华南农大陈程杰博士开发的一款功能强大的整合了各种数据处理工具与用户友好的界面工具包。TBtools集合了各种生物数据处理工具，界面简单直观，功能丰富，序列批量处理和交互式数据可视化，例如维恩图、热图、比较序列可视化等。

本期凌波微课我们就来看一下heatmap图的画法。具体操作方法猛戳上方视频哦~

 图1 热图示例

该热图中每列表示一个样本，每行表示一个分类，图中的颜色表示基因在该组样本中表达量/丰度/相关性的大小。左侧为分类聚类的树状图，两个分支离得越近，说明它们的距离越接近；上方为样本聚类的树状图，两个样本分支离的越近，说明这两个样本结构越接近。

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研究示例

1. 冰叶日中花植物促内生菌Halomonas sp. MC1菌株转录组分析

Transcriptome Analysis of Ice Plant Growth-Promoting Endophytic Bacterium Halomonas sp. Strain MC1 to Identify the Genes Involved in Salt Tolerance. Microorganisms, 2020.

盐胁迫是陆地土壤生态系统植物和微生物生长过程中遇到的重要不利条件。目前，尚不知道冰叶日中花（Mememryanthemum crystallinum）植物促进内生细菌Halomonas sp.的生长如何应对盐胁迫并调节生长，以及关系耐盐基因。我们应用RNA-Seq技术来确定 Halomonas sp.的生长机制。

 图2 差异基因聚类热图

2、较高的C/N比可增加固氮细菌的丰度，从而减少牛粪和玉米秸秆混合堆肥中N和C的总损失

Increased abundance of nitrogen fixing bacteria by higher C/N ratio reduces the total losses of N and C in cattle manure and corn stover mix composting. Waste Management, 2020.

本研究目的是调查牛粪/玉米秸秆混合料堆肥过程中初始C/N比对N和C总损失的影响，并分析初始C/N比如何影响玉米的连续生长以及微生物影响堆肥过程中氮和碳的损失。结果表明，堆肥混合物中主要细菌的演替受温度和初始C/N比的影响很大。较高的初始C/N比似乎促进固氮细菌的生长，同时压缩反硝化细菌。这些结果表明，调节初始C/N比是控制堆肥中N和C损失的重要方法。此外，有益的固氮细菌可能会被筛选出来并用作堆肥补品，以提高堆肥的质量。 

图3 堆肥样品每个处理阶段每个阶段的N、C损失和前15个属物种关系热图。

获取文件

PS：后台回复“heatmap”，即可获得TBtools软件安装程序和视频操作示例文件的下载链接哦~

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